在南京，金百合行動的第一批執行者是憲兵隊。被調遣來的憲兵特別行動小隊四處搜查，扣壓所有中國政府的財產，炸開銀行的庫房、搶劫富家及中產階級的商人和其他人士的黃金、寶石、珠寶、藝術品和貨幣。1000多年來，南京一直是一個富裕的城市，許多有錢有地位的中國人在南京城里有別墅，在近郊有其他不動產。南京也不是第一次被其征服者洗劫，但這次卻是最仔細和系統地進行的。據說，在這一階段，秘密憲兵至少收集了6000噸黃金。對這個問題的歷史研究顯示，官方報道的掠奪數量往往只是實際數目的一個零頭。另外還有無數中國人喜歡儲存的小金塊、白金、鉆石、紅寶石、藍寶石、藝術品和古董也遭搶劫。這些都來自私人家庭和農村的墳墓。日本人做得如此徹底，甚至把尸體鑲的金牙也敲下。

　　金百合計劃運回的財寶，其下落至今仍是一個復雜的謎。

　　這些戰利品從上海直接船運日本，或由火車、汽車運往滿洲處理，稀有金屬進行分等，其他的首飾被熔化后，重新澆鑄為統一尺寸的金錠，然后再運回日本。通過陸路或是海上從中國運到日本的金塊和白金塊，或者存放在私人的保險箱里，或者放在日本一座山的隧道和地堡里。

　　金百合計劃從我國及亞洲各國運回的財寶，其下落至今仍是一個復雜的謎，這個謎的一些線索散落在環太平洋地區。有一種估計認為，馬尼拉（菲律賓）及其郊外，加上柯雷吉多爾島下所修建的藏寶地，不夠用來掩藏日本所有的搶劫財寶，因此，在棉蘭老島、民都洛島（菲律賓中部，在呂宋島西南）和其他的島嶼上也修建了許多藏寶地。近年來雖然有些寶藏被人們所發現，但那些僅僅是極小的一部分，更多的寶藏仍然未被人們所發現，我們不清楚，卻可以找到富饒的亞洲因為戰時日本的洗劫，黃金儲備只占當時世界黃金儲備的5%這樣一組數據。當然，亞洲被占領國失去的不只是金銀珠寶，僅中國一國而言，就喪失了價值數十億美元的瓷器、藝術品、遠古化石、線裝書籍、宗教文物等。這些寶藏的價值將是一個無法用貨幣來衡量的天文數字。